Detroit
Você era Adam Jensen, chefe de segurança da Sarif Industries. Mercenários quase mataram você e aparentemente assassinaram a pesquisadora Megan Reed e sua equipe. Aprimoramentos mecânicos mantiveram você vivo. Seis meses depois, uma crise com reféns em uma fábrica trouxe você de volta ao trabalho. Quem sobrevivia dependia de suas ações. Um invasor com aprimoramentos se matou sob controle remoto, dando a você uma pista que levava aos agressores.
Hengsha e Montreal
Você derrotou o mercenário Lawrence Barrett e seguiu sua pista até Hengsha. O hacker Arie van Bruggen apontou o envolvimento de Zhao Yun Ru, chefe da Tai Yong Medical. Dentro da sede da empresa, você descobriu que Megan e os cientistas haviam sido sequestrados. O rastro levou a Montreal e à apresentadora de notícias Eliza Cassan, uma inteligência artificial que manipulava a opinião pública. Depois de derrotar Yelena Fedorova, você descobriu que Isaias Sandoval havia ocultado os sinais de rastreamento dos cientistas.
A viagem de volta
Você voltou a Detroit, onde David Sarif suspeitava dos Illuminati. Sandoval revelou que havia alterado as frequências dos rastreadores; sua sobrevivência dependia de suas decisões. O sinal levou você de volta a Hengsha, onde a Belltower derrubou sua aeronave. Salvar a piloto Faridah Malik dependia de você. O rastro terminou em um braço roubado, mas Tong Si Hung ajudou você a chegar a um navio da Belltower prestes a partir.
Rifleman Bank Station
Você foi descoberto a bordo do navio e torturado, e depois se envolveu na investigação de Netanya Keitner sobre a prisão secreta e os experimentos humanos da Belltower. Keitner morreu enfrentando soldados, e o comandante Pieter Burke liberou gás venenoso. Quais prisioneiros e testemunhas sobreviviam dependia de sua intervenção; você podia salvar todos os ameaçados pelo gás. Depois de confrontar Burke, você recebeu ajuda do misterioso Garvin Quinn e retomou a viagem em sono criogênico.
Omega Ranch
Você chegou a Singapura e encontrou os pesquisadores sobreviventes. Os Illuminati haviam usado o trabalho deles para incluir mecanismos de controle nos chips de reposição dos aprimoramentos. Você derrotou Jaron Namir e finalmente chegou a Megan. Ela admitiu ter usado seu DNA incomum sem permissão em suas pesquisas. Então Hugh Darrow ativou um sinal de sua instalação no Ártico, Panchaea. No mundo inteiro, pessoas com os novos chips passaram a sofrer delírios violentos.
Panchaea
Você viajou a Panchaea para interromper o sinal. Darrow havia transformado o esquema de controle dos Illuminati em um massacre destinado a desacreditar os próprios aprimoramentos. Você enfrentou as vítimas por toda a instalação danificada. Nas profundezas, Zhao se fundiu ao supercomputador Hyron. Você destruiu o sistema, matando-a e encerrando a transmissão. Eliza então ofereceu a você o controle sobre a versão dos fatos que o mundo ouviria.
Sua escolha finalO final
Você escolheu como a crise seria explicada: expor Darrow e os Illuminati, culpar extremistas contrários aos aprimoramentos para proteger o progresso tecnológico ou culpar remédios contaminados para incentivar um controle mais rígido. Como alternativa, você podia destruir Panchaea com você e todos lá dentro, sem deixar nenhum relato. Seu destino na instalação dependia dessa decisão; não foi mostrada uma fuga comum a todos os desfechos. Depois dos créditos, foi revelado que Megan trabalhava para Bob Page.
A seguir
Escrito por um modelo de IA a partir das wikis do jogo, conferido parte por parte por outro e traduzido do inglês por um modelo de IA.