Liberty Island
Você era JC Denton, um agente recém-aprimorado da United Nations Anti-Terrorist Coalition, a UNATCO. A epidemia Gray Death se espalhava, e o tratamento escasso, Ambrosia, era reservado aos poderosos. Em Nova York, você perseguiu a NSF depois que ela tomou um carregamento. Seu irmão Paul servia ao seu lado, até você descobrir que ele havia se juntado em segredo às pessoas que você caçava.
Mudando de lado
Você descobriu por Paul que a UNATCO servia à conspiração por trás da epidemia. Transmitiu um sinal de socorro da NSF e também se tornou um alvo. Suas escolhas determinaram se Paul sobreviveria à invasão do hotel dele. Capturado, você acordou em uma prisão da Majestic 12 sob a sede da UNATCO. O misterioso Daedalus ajudou você a escapar, mas seus empregadores haviam ativado um dispositivo de execução dentro do seu corpo.
Hong Kong
Você fugiu para Hong Kong em busca de Tracer Tong. Expôs o envolvimento de Maggie Chow em um complô contra as Tríades da cidade e ajudou a encerrar a disputa entre elas. Tong desativou seu dispositivo de execução. Dentro da VersaLife, você encontrou provas de que a Gray Death era fabricada e de que seu tratamento era controlado pela mesma conspiração. Você destruiu um construtor universal usado para produzir a doença.
De volta a Nova York
Você voltou a Nova York e encontrou Stanton Dowd, dos Illuminati. Ele indicou o PRCS Wall Cloud, no Brooklyn Naval Shipyards. Você afundou o cargueiro, destruindo a carga de Gray Death antes que a Majestic 12 pudesse espalhá-la pelos Estados Unidos. Dowd então encaminhou você aos contatos dele nos Illuminati em Paris.
Paris
Você perseguiu a Majestic 12 até Paris, onde a resistência Silhouette levou você até Nicolette DuClare. Por meio das conexões da mãe dela, você entrou em contato com Morgan Everett, dos Illuminati. Você acessou o computador da Knights Templar Cathedral para que ele pudesse concluir uma cura para a Gray Death. Everett explicou como Bob Page havia tomado o controle da Majestic 12 e usado a epidemia para ganhar poder. Ele pretendia restaurar o domínio dos Illuminati.
Area 51
Você defendeu os cientistas de Gary Savage em Vandenberg, onde as inteligências artificiais Daedalus e Icarus se fundiram em Helios. Page planejava se fundir a Helios e dominar as comunicações globais. Para fabricar a cura de Everett, Savage precisava de um construtor universal funcional. Você recuperou esquemas de um laboratório submarino para concluí-lo. Quando Page apontou um míssil nuclear para Vandenberg, você o redirecionou para a fortaleza dele na Area 51 e depois foi até lá atrás dele.
Sua escolha finalO final
Você chegou até Page na Area 51 e decidiu como encerrar sua tentativa de assumir o controle. O resultado dependia de você. Seguir Tong significava destruir as instalações e as comunicações globais, dando início a uma era de trevas tecnológica. O plano de Everett significava matar Page e se juntar ao governo secreto dos Illuminati. Helios oferecia uma fusão que tornava você parte de uma nova inteligência que governaria a humanidade. Você encerrou a tentativa de Page, mas escolheu o que a substituiria.
A seguir
Escrito por um modelo de IA a partir das wikis do jogo, conferido parte por parte por outro e traduzido do inglês por um modelo de IA.