L'Animus
Vous étiez Desmond Miles, un prisonnier d'Abstergo, lorsque Lucy Stillman vous a aidé à vous évader. Dans une cachette des Assassins, Shaun Hastings et Rebecca Crane vous ont installé dans leur Animus. Vous avez revécu les souvenirs de votre ancêtre, Ezio Auditore. Lucy espérait qu'en vivant son existence, vous apprendriez ses techniques assez vite pour combattre les Templiers modernes.
Florence
Dans la peau d'Ezio, vous avez récupéré l'équipement d'Assassin de votre père et des preuves censées le faire libérer de prison, avec vos frères. Uberto Alberti les a trahis malgré ces preuves, et vous avez assisté à leur pendaison. Vous avez tué Uberto, puis conduit votre mère et votre sœur chez votre oncle Mario, à Monteriggioni. Vous y avez appris que les ennemis de votre père appartenaient à l'Ordre des Templiers.
La conspiration
Vous avez traqué les conspirateurs à Florence et San Gimignano, démêlant le complot des Pazzi et remontant jusqu'à son chef, Rodrigo Borgia. Votre poursuite vous a conduit à Venise, où d'autres Templiers cherchaient à prendre le contrôle de la ville. Léonard de Vinci vous a aidé à déchiffrer le Codex d'Altaïr et à améliorer votre équipement. Le meurtre de votre famille vous avait entraîné dans une lutte bien plus ancienne.
La Pomme
Vous avez intercepté à Venise un ancien artefact appelé la Pomme d'Éden et affronté Rodrigo pour vous en emparer. À l'arrivée de vos alliés, il s'est échappé. Ces alliés ont révélé qu'ils étaient des Assassins et vous ont officiellement accueilli dans leur Ordre. Rodrigo se croyait le prophète destiné à ouvrir un mystérieux Sanctuaire. Vos amis pensaient que ce rôle vous revenait.
Forlì et Florence
Vous avez aidé Caterina Sforza à défendre Forlì, mais une blessure vous a laissé sans défense lorsque le moine Girolamo Savonarola a pris la Pomme. Vous l'avez retrouvé plus tard en train de s'en servir pour dominer Florence. Vous avez brisé l'emprise de ses lieutenants, récupéré l'artefact et l'avez tué pour lui éviter de brûler vif. Devant la foule, vous avez encouragé chacun à choisir sa propre voie.
Le Vatican
Vous avez assemblé les pages du Codex et localisé le Sanctuaire sous le Vatican. Rodrigo était devenu le pape Alexandre VI, obtenant ainsi un second artefact : le Bâton papal. À Rome, vous l'avez combattu avec la Pomme, puis vaincu à l'intérieur du Vatican. Vous lui avez laissé la vie sauve, car le tuer ne pouvait pas vous rendre votre famille. La Pomme et le Bâton vous ont ouvert le Sanctuaire.
L'avertissement de MinerveLa fin
Vous avez rencontré Minerve, une projection issue d'une civilisation ancienne, mais son message s'adressait à Desmond à travers vous. Elle annonçait le retour d'une catastrophe et indiquait des temples qui pourraient l'empêcher. Dans la peau d'Ezio, vous restiez perplexe, tandis que Rodrigo était toujours vivant. Dans celle de Desmond, vous vous êtes réveillé pendant une attaque d'Abstergo, avez combattu grâce aux techniques d'Ezio et fui avec Lucy, Shaun et Rebecca, porteur de l'avertissement.
Ensuite
Écrit par un modèle d'IA à partir des wikis du jeu, vérifié partie par partie par un autre, et traduit de l'anglais par un modèle d'IA.