Eden Prime
Você era o comandante Shepard, um oficial da Alliance a bordo da Normandy. Uma missão para recuperar um sinalizador Prothean em Eden Prime se tornou uma batalha contra os geth. Saren, um Spectre renegado, matou seu avaliador, Nihlus, e escapou. Quando o sinalizador foi ativado perto de um integrante da equipe, você o tirou dali e acabou preso no campo do aparelho. Visões de um massacre invadiram sua mente antes de ele explodir, deixando você inconsciente.
O primeiro Spectre humano
Você levou a acusação contra Saren ao Citadel Council. Os conselheiros a rejeitaram até você resgatar Tali, uma quarian que carregava uma gravação com provas da traição dele. A gravação mencionava os Reapers e algo chamado Conduit. Você se tornou o primeiro Spectre humano e assumiu o comando da Normandy. A entrada de Garrus e Wrex na sua tripulação dependia de você.
Três pistas
Você seguiu as pistas na ordem que escolheu. Em Therum, resgatou Liara, uma estudiosa dos Protheans. Em Feros, destruiu o Thorian, que controlava mentes, e recebeu de Shiala o Cipher, que permitiu compreender a mensagem do sinalizador. A sobrevivência dos colonos e de Shiala dependia de você. Em Noveria, derrotou Benezia, a mãe de Liara, e obteve as coordenadas do Mu Relay. Cabia a você decidir se a rainha rachni mantida em cativeiro viveria.
Virmire
Você podia ir a Virmire antes de concluir a terceira pista; a ordem dependia de você. Você se juntou a salarians para destruir a base de Saren. Se Wrex estivesse com você, um confronto por causa de uma possível cura para a infertilidade krogan podia terminar com a morte dele. Lá dentro, você descobriu que Sovereign era um Reaper que controlava Saren por doutrinação. Você armou uma bomba nuclear e escapou, mas só pôde resgatar Ashley ou Kaidan. O outro morreu na explosão.
Ilos
Você identificou Ilos como o destino de Saren. Quando as autoridades proibiram a Normandy de decolar, Anderson ajudou você a escapar. Em Ilos, a inteligência Prothean Vigil explicou que os Reapers exterminavam civilizações avançadas em ciclos recorrentes. A Citadel era o portal de invasão deles. Você atravessou às pressas o Conduit, um relay que levava à Citadel, atrás de Saren, que pretendia reabrir esse portal para Sovereign.
A queda de Sovereign
Você confrontou Saren nos controles da Citadel. Dependendo da sua abordagem, ele morria lutando contra você ou se matava depois de reconhecer sua escravidão. Sovereign então deu vida ao corpo dele, repleto de implantes. Você o destruiu enquanto a frota da Alliance atacava o Reaper do lado de fora. Sovereign caiu, e você sobreviveu aos destroços. Suas ordens determinaram se a frota salvaria o Conselho ou deixaria seus membros morrerem.
A partida da NormandyO final
Você saiu dali com a invasão detida e a humanidade ganhando poder na Citadel. O futuro do Conselho dependia das suas escolhas, e você podia indicar Anderson ou Udina como representante da humanidade. Você partiu a bordo da Normandy com os sobreviventes da tripulação, com a determinação de deter os Reapers que ainda esperavam além da galáxia. Derrotar Sovereign havia adiado o retorno deles.
A seguir
Escrito por um modelo de IA a partir das wikis do jogo, conferido parte por parte por outro e traduzido do inglês por um modelo de IA.