O Animus
Você era Desmond Miles, um prisioneiro da Abstergo, quando Lucy Stillman ajudou você a escapar. Em um esconderijo dos Assassinos, Shaun Hastings e Rebecca Crane colocaram você no Animus deles. Você reviveu as memórias de seu ancestral, Ezio Auditore. Lucy esperava que vivenciar a vida dele ensinasse suas habilidades a você a tempo de enfrentar os Templários modernos.
Florença
Como Ezio, você recuperou os equipamentos de Assassino do seu pai e as provas que deveriam libertar ele e seus irmãos da prisão. Uberto Alberti os traiu apesar das provas, e você assistiu ao enforcamento deles. Você matou Uberto e depois levou sua mãe e sua irmã para junto de seu tio Mario, em Monteriggioni. Ali, descobriu que os inimigos do seu pai pertenciam à Ordem dos Templários.
A conspiração
Você caçou os conspiradores por Florença e San Gimignano, desvendando o complô dos Pazzi e rastreando sua liderança até Rodrigo Borgia. Sua perseguição levou você a Veneza, onde mais Templários buscavam o controle da cidade. Leonardo da Vinci ajudou você a decifrar o Códice de Altaïr e aprimorar seu equipamento. O assassinato da sua família havia arrastado você para um conflito muito mais antigo.
A Maçã
Você interceptou um artefato antigo chamado Maçã do Éden em Veneza e lutou contra Rodrigo por ele. Quando seus aliados chegaram, ele escapou. Esses aliados revelaram que eram Assassinos e receberam você formalmente em sua Ordem. Rodrigo acreditava ser o profeta destinado a abrir um misterioso Vault. Seus amigos acreditavam que esse papel cabia a você.
Forlì e Florença
Você ajudou Caterina Sforza a defender Forlì, mas um ferimento deixou você indefeso enquanto o monge Girolamo Savonarola tomava a Maçã. Mais tarde, você o encontrou usando o artefato para dominar Florença. Você rompeu o controle dos tenentes dele, recuperou o artefato e o matou para poupá-lo de ser queimado vivo. Diante da multidão, incentivou as pessoas a escolher seus próprios caminhos.
O Vaticano
Você reuniu as páginas do Códice e localizou o Vault sob o Vaticano. Rodrigo havia se tornado o papa Alexandre VI, obtendo um segundo artefato: o Papal Staff. Em Roma, você o enfrentou com a Maçã e depois o derrotou dentro do Vaticano. Você poupou a vida dele porque matá-lo não traria sua família de volta. A Maçã e o Staff abriram o Vault para você.
O aviso de MinervaO final
Você encontrou Minerva, uma projeção de uma civilização antiga, mas a mensagem dela era dirigida a Desmond por meio de você. Ela alertou sobre o retorno de uma catástrofe e indicou templos que poderiam evitá-la. Como Ezio, você ficou perplexo, com Rodrigo ainda vivo. Como Desmond, você acordou em meio a um ataque da Abstergo, lutou usando as habilidades de Ezio e escapou com Lucy, Shaun e Rebecca, levando o aviso.
A seguir
Escrito por um modelo de IA a partir das wikis do jogo, conferido parte por parte por outro e traduzido do inglês por um modelo de IA.