El Animus
Eras Desmond Miles, un prisionero de Abstergo, cuando Lucy Stillman te ayudó a escapar. En un refugio de los Asesinos, Shaun Hastings y Rebecca Crane te conectaron a su Animus. Reviviste los recuerdos de tu antepasado, Ezio Auditore. Lucy esperaba que experimentar su vida te enseñara sus habilidades con la rapidez suficiente para luchar contra los templarios modernos.
Florencia
Como Ezio, recuperaste el equipo de Asesino de tu padre y unas pruebas destinadas a liberarlo de prisión junto a tus hermanos. Uberto Alberti los traicionó pese a aquellas pruebas y los viste morir en la horca. Mataste a Uberto y después llevaste a tu madre y a tu hermana con tu tío Mario, en Monteriggioni. Allí descubriste que los enemigos de tu padre pertenecían a la Orden del Temple.
La conspiración
Perseguiste a los conspiradores por Florencia y San Gimignano, desentrañando la conspiración de los Pazzi hasta descubrir que Rodrigo Borgia la dirigía. La persecución te llevó a Venecia, donde más templarios buscaban controlar la ciudad. Leonardo da Vinci te ayudó a descifrar el Códice de Altaïr y a mejorar tu equipo. El asesinato de tu familia te había arrastrado a un conflicto mucho más antiguo.
El Fruto
Interceptaste en Venecia un antiguo artefacto llamado el Fruto del Edén y luchaste con Rodrigo por él. Cuando llegaron tus aliados, escapó. Aquellos aliados revelaron que eran Asesinos y te dieron la bienvenida formalmente a su Orden. Rodrigo creía ser el profeta destinado a abrir una misteriosa Cripta. Tus amigos creían que ese papel te correspondía a ti.
Forlì y Florencia
Ayudaste a Caterina Sforza a defender Forlì, pero una herida te dejó indefenso mientras el monje Girolamo Savonarola se llevaba el Fruto. Más tarde lo encontraste usándolo para dominar Florencia. Acabaste con el control de sus lugartenientes, recuperaste el artefacto y lo mataste para evitar que ardiera vivo. Ante la multitud, animaste a la gente a elegir su propio camino.
El Vaticano
Reuniste las páginas del Códice y localizaste la Cripta bajo el Vaticano. Rodrigo se había convertido en el papa Alejandro VI y había conseguido un segundo artefacto: el Bastón Papal. En Roma, luchaste contra él con el Fruto y después lo derrotaste dentro del Vaticano. Le perdonaste la vida porque matarlo no te devolvería a tu familia. El Fruto y el Bastón te abrieron la Cripta.
La advertencia de MinervaEl final
Te encontraste con Minerva, una proyección de una civilización antigua, pero su mensaje se dirigía a Desmond a través de ti. Advirtió del regreso de una catástrofe y señaló unos templos que quizá pudieran evitarla. Como Ezio, te quedaste desconcertado y Rodrigo seguía vivo. Como Desmond, despertaste durante un ataque de Abstergo, luchaste con las habilidades de Ezio y escapaste con Lucy, Shaun y Rebecca, llevando contigo la advertencia.
Lo siguiente
Escrito por un modelo de IA a partir de las wikis del juego, comprobado con ellas parte por parte por otro, y traducido del inglés por un modelo de IA.